«Месть» неандертальцев – гены тяжёлого COVID-19

В последние пару дней на многих новостных ресурсах прошла новость о том, что «гены неандертальцев» способствуют развитию тяжёлого COVID-19. Так получилось, что об этой новости у меня есть пост, выложенный более двух месяцев назад (https://prof-afv.livejournal.com/28995.html). За это время аудитория блога заметно расширилась и, мне кажется, есть смысл вернуться к этой новости ещё раз. Тем более что тогда это был лишь препринт в BioRhiv, а сейчас это уже статья в Nature (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3). Принципиальных различий между ними нет, но некоторые дополнения авторы внесли.

У этой статьи всего два автора, что, по нынешним временам, большая редкость. Один их них это Svante Pääbo, пожалуй, самый авторитетный специалист по молекулярной антропологии. Большая часть того, что мы знаем об «ископаемых ДНК», это результат работы лично его и исследовательской команды, лидером которой он является многие годы. Так что анализ, которым лично занимался Svante Pääbo, наверняка, выполнен на самом высоком уровне.

Всё началось с поиска генов, влияющих на тяжесть COVID. Эта «следственная работа» вывела на «подозреваемого» - область длиной 49,4 тысяч пар оснований в хромосоме 3. Этот результат был получен с помощью метода, который называется GWAS (genome wide association study -  полногеномное исследование ассоциаций). Это высокотехнологичное и логистически сложное исследование. Но не буду отвлекаться. Результаты GWAS, приведённые на графике ниже, ясны и без понимания того, как они получены. На этом графике (взят из статьи) по оси Х указаны номера хромосом, а по оси Y статистическая оценка разницы в  частоте вариантов генетических маркеров у больных и здоровых; пунктир – порог статистической значимости, а красные точки это генетические маркёры, значимо отличающиеся в сравниваемых группах.



После того как «подозреваемый» был идентифицирован к «следствию» подключились Svante Pääbo и его соавтор. Они установили, что этот подозрительный кусочек ДНК 3-й хромосомы человека передаётся с минимальными изменениями по «генеалогической линии» доходящей до неандертальцев. Напомню, что ныне живущие люди (Homo sapience – Человек разумный) это не единственный вид людей (по-научному – гоминид) в истории нашей планеты. У нас были дальние родственники, по меньшей мере, два – Неандертальцы (Homo neanderthalensis) и Денисовцы (Homo denisovensis).  Отношения «Человека разумного» (по поводу последнего нередко возникают сомнения) с этими «родственниками» были далеко не дружественными. То ли из-за этого, то ли из-за чего-то другого, все гоминиды кроме Homo sapience вымерли. Но следы в геноме человека они оставили. Случилось ли это вследствие любви или «харасмента» сказать невозможно, скорее всего, было и то, и другое. Но результат налицо – несколько процентов геномной ДНК человека происходит от неандертальцев и именно такое происхождение имеет тот вариант участка 3-й хромосомы, присутствие которого увеличивает риск тяжёлого COVID-19. По-научному он называется гаплотипом hg19.  Увеличение риска при этом не так чтобы драматичное, но существенное -  отношение шансов (odds ratio) равно 1,7 (95% доверительный интервал 1,27 – 2,26).

Эти «неандертальские гены» повышенной чувствительности к COVID происходят не от неандертальцев вообще, а от того «племени» неандертальцев, которое «квартировалось» в пещере Vindija, расположенной в современной Хорватии. Кстати, из данных представленных в статье следует, что наши «родные неандертальцы» (с Алтая) к этому «подарочку» прямого отношения не имеют.

Среди современных людей неандертальские гены чувствительности к COVID распределены неравномерно. В одних этнических группах они встречаются часто (чаще всего в Бангладеш или у выходцев из этой страны – там 64% гетерозиготы, а 13% -гомозиготы по этому гаплотипу), а  южнее Сахары носителей этих генов вообще нет.  Рисунок ниже (взят из статьи) даёт представление о современном географическом распределении носительства этого гаплотипа.



Самый главные вопрос, как конкретно гены, локализованные в этом неандертальском гаплотипе, реализуют свою вредоносную роль при COVID, пока остаётся без ответа. Однако, генов и их вариантов (аллелей) в этом гаплотипе не так уж много. Анализ их действия не выглядит как неподъёмная задача. Но не думаю, что здесь можно ожидать чего-то, что будет иметь практическое значение в недалёком будущем.

(с) Проф_АФВ

Источник: polonsil.ru

уникальные шаблоны и модули для dle